In PHP 5 sono avvenute modifiche dei nomi dei file di CLI e CGI. In PHP 5, la versione CGI è stata rinominata php-cgi.exe (prima era php.exe) e la versione CLI ora è posizionata nella cartella principale (prima era cli/php.exe).
In PHP 5 è stato inoltre introdotta una nuova modalità: php-win.exe. Questa è uguale alla versione CLI, eccetto il fatto che php-win non manda niente in output e quindi non crea console (nessuna "finestra dos" appare sullo schermo). Questo comportamento è simile a php-gtk.
In PHP 5, la versione CLI riempie sempre le variabili globali $argv e $argc a prescindere da qualsiasi direttiva php.ini. Anche l'impostazione di register_argc_argv a off non avrà effetto in CLI.
Vedere anche la documentazione della linea di comando.